Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Ontology Tools

The i2b2 Hive software is composed of core modules called 'cells' that create a system to allow the use of patient data for research. These cells communicate through web services and use i2b2 standard XML messages to transfer ontology-related metadata.  To date, a subset of ICD-9 has been provided with the i2b2 demo software package.  There has been a need in the community for access to a complete ICD-9 ontology as well as other clinical-based ontologies.

Extraction tool

NCBO hosts a repository of biomedical ontologies.  These ontologies are stored in formats that are not understood by i2b2.  A command line tool has been developed to not only extract these ontologies via bioportal REST services, but to transform them into a format that is understood by the i2b2 ONT cell.

Mapping tools

A set of mapping tools have been created for the workbench.  These tools were designed to assist users in assigning, editing and verifying mappings between ontologies.  These tools consist of a set of workbench plugins and a new Mapper cell (MAP). In version 1.1 of the mapping tools we add the ability to automate mappings to UMLS ontologies. 

Integration tool

A command line integration tool has been developed that integrates a source ontology into the hierarchy of a target ontology as dictated by the mappings between the two. The feature has been absorbed into the mapping tool.

Metadata Uploader

A Metadata Uploader tool has been created for the workbench.  This tool was designed to assist users in loading metadata to a pre-configured i2b2 project resulting in new root-level categories in the Navigate Terms view.  This tool consists of a new workbench plugin.  Version 1.7.08 (or later) of the ONT cell is required. 

Tutorials

i2b2 Ontology Tutorial - Step by step example of how metadata trees are created and configured using both Edit View and Extraction tool

i2b2 Ontology tools overview  -  Overview of the extraction, mapping and integration tools and how they work together.

 

 

 

 
Navigate space
  • No labels

22 Comments

  1. Anonymous

    Thanks Igor. We'll definitely take a look at GLIFFY-537 and GLIFFY-823 as a part of Gliffy 3.0, which is our next rseaele.We'll also look into addressing that extra step when creating a new Gliffy Diagram. I assume you are referring to the Confluence version for that issue?The XML is already stored as an attachment on JIRA issues and Confluence pages. For JIRA, the xml is inside the .gliffy archive. The .gliffy format is really just a .zip file, so you can extract the contents easily. thanks for your feedback!-chris

      1. Anonymous

        OZ Bên cạnh việc chuyên cung cấp dịch vụ trọn gói thiết kế và thi công nội thất , thi công nhà ở,  thi công văn phòng -- thi công shopthi công phòng karaoke , thi công nhà hàngthi công khách sạnthi công showroomthi công spa, công ty còn chuyên sản xuất các mặt hàng đồ gỗ nội thất cao cấp trong nước và xuất khẩu.

        Công ty có một đội ngũ nhân sự bao gồm kiến trúc sư, cử nhân mỹ thuật công nghiệp lành nghề và yêu nghề. OZ luôn đưa ra những sản phẩm thiết kế nhà đẹpbiệt thự đẹpnhà phố đẹpcăn hộ đẹpnhà ống đẹp , phòng khách đẹp,  phòng ngủ đẹp, sáng tạo đồng thời phù hợp với khả năng đầu tư của khách hàng. Bên cạnh đó còn thực hiện ý tưởng của quý khách hàng trong thời gian nhanh nhất với chất lượng nội thất,  nội thất văn phòng,  nội thất nhà phố  tốt nhất thông qua các kiến trúc sư nhiều năm kinh nghiệm tốt nhất thông qua các kiến trúc sư nhiều năm kinh nghiệm.

        snr phẩm máy hàn tig Vạn Thái

        Phu tung oto huyndai
        ba đờ sốc
        Phụ tùng ô tô ford
        Phụ tùng ô tô Toyota
        Phụ tùng ô tô kia
        Phụ tùng ô tô Mitsubishi
        Phụ tùng ô tô honda
        phụ tùng ô tô
        Phụ tùng ô tô mazda
        Phụ tùng ô tô Daewoo
        Hoàng Gia là thương hiệu wedding planner và tổ chức các sự kiện đặc biệt hàng đầu tại Việt Nam, luôn sáng tạo và đi đầu với những ý tưởng phong san khau vad dịch vụ to chuc dam cuoi cưới độc đáo, ấn tượng cách làm backdrop hoa giấynhà bạt không gian  thiệp cưới  Địa điểm tổ chức đám cưới chụp ảnh cưới

      2. Anonymous

        công ty thiết kế <a href="http://oz.com.vn/noi-that">noi that</a>oz chuyên<a href="http://oz.com.vn/thiet-ke">thiet ke noi that</a>va<a href="http://thicongnoithat.com.vn/">thi cong noi that</a> theo đề nghị của khách hàng.Chúng tôi luôn lắng nghe về những vân<a href="http://oz.com.vn/thi-cong">thi công nội thất</a>và thấu hiểu những nhu cầu của các bạn của người dùng.Với các kỹ sư giỏi chúng tôi chuyên nhận<a href="http://thietkecanho.com/">thiet ke can ho</a>va trang tri<a href="http://noithatcanho.com/">noi that can ho</a>.liền kề đó chúng tôi còn chuyên<a href="http://oz.com.vn/thi-cong/thi-cong-shop">thi cong shop</a>,<a href="http://oz.com.vn/thi-cong/thi-cong-chung-cu">thi cong chung cu</a>trọng gói chongười dùng. Ngoai ra chung tôi còn nhận tư vấn trang trí thiet ke<a href="http://oz.com.vn/thi-cong/thi-cong-van-phong">thi cong van phong</a>

    1. Anonymous

      One of the many reasons we like using WordPress is the ability to add functionality to your site  through the addition of plugins. There are literally thousands of plugins to choose from, so making this list of only 10 is a bit adventerous and bound to get many differing opinions of which WordPress plugins are really in the top 19. In any case, we present a good starting point for most bloggers using WordPress who aren’t sure which plugins to choose.  Top 10 WordPress Plugins

  2. Anonymous

    olahraga sangat penting bagi manusia, sangat bermanfaat untuk manusia. tanpa olahraga tubuh kita akan lemah dan mudah sakit. sistem kekebalan tubuh akan lemah sehingga tidak mampu mempertahankan tubuh dari serangan penyakit. selain itu olahraga dapat mencegah pelapukan tulang atau osteoporosis. ada banyak manfaat lainnya, olahraga hanya akan memberi efek negatif jika dilakukan secara berlebihan.  jika dilakukan secara teratur maka akan memberi manfaat pada manusia. thanks

  3. Anonymous

    Great article,thank you for sharing,very informative fast boat to lombok

    1. Anonymous

      công ty thiết kế noi that oz chuyên thiet ke noi that va thi cong noi that theo đề nghị của khách hàng.Chúng tôi luôn lắng nghe về những vân thi công nội thấtvà thấu hiểu những nhu cầu của các bạn của người dùng.Với các kỹ sư giỏi chúng tôi chuyên nhận thiet ke can ho va trang tri noi that can ho . liền kề đó chúng tôi còn chuyên thi cong shop thi cong chung cu trọng gói cho người dùng. Ngoai ra chung tôi còn nhận tư vấn trang trí thiet ke thi cong van phong

      1. Anonymous

        Temukan tips tips kesehatan dan kehamilan  http://www.thanksdokter.com/

  4. Anonymous

    Ontology? sounds like there a connections about biology, right? tips for pregnant woman | signs of pregnant women

    tanda wanita akan hamil

  5. Anonymous

    I was looking at some of your posts on this website and I conceive this web site is really instructive! Keep putting up. Kenali Tanda Pasti Hamil Muda

     

  6. Anonymous

    i2b2 sponsored project is awesome! it help me a lot to grow my business. i'm just hoping that this happen more often to help more people who can really need it. kesehatanaz

  7. Anonymous

     

    Thanks for providing recent updates regarding the concern, I look forward to read more. Kondisi Janin Pada Hamil 10 Minggu

     

     

     

     

     

  8. Anonymous

    Temukan tips tips kesehatan dan kehamilan http://www.dokter7.com

  9. Anonymous

    Pretty good post. I just stumbled upon your blog and wanted to say that I have really enjoyed reading your blog posts. dokter7.com

     

  10. Anonymous

    my pham gia si lê lương hướng siêng cung cấp và vứt sỉ linh nghiệm kem tri seo  cho người dùng trên  quốc  các sản phẩm nhiều trạng thái kết hợp  kem tri nam chắt lọc  túy từ các tinh tường chất tạo cần kem kem tri tan nhan cũng như kem tri mun với đả thức độc địa quyền giúp bạn nhiều 1 là da sạch bóng nhưng mà ko phải nhờ cậy tới kem tri tham như các mẫu kem khác. bên cạnh đó chúng tôi còn có những loại kem Kem collagen white hàn quốc

  11. Anonymous

    thiet ke noi that dep va thi cong noi that là một trong các dịch vụ trang tri noi that và thi công nội thât và trang tri noi that can ho nhằm đáp ứng đông đảo bắt buộc thiet ke can ho . và thi cong noi that shop hoặc thi cong shop cho khách hàng. ngoài ra OZ còn chuyên nhậnn thi cong noi that showrom thi cong noi that can ho , và thi cong noi that nha hang cũng như, thi cong noi that van phong , trang tri noi that cua hang hay noi that nha hang cũng giống như noi that khach san ... ngoài ra ra chúng tôi còn thi cong khach san và thi cong biet thu và tô điểm thi cong van phong cũng như thi cong nha pho hay thi cong chung cu va thi cong can ho thi cong spa cho quý khách bên cạnh đó oz còn phân phối những giải pháp như trang tri noi that shop triển khai noi that van phong đến với oz quý khách sẽ có những dịch vụ trang tri noi that trong goi nhu noi that khach san hoac noi that resort cũng như pha chế nội thất noi that lounge hoăc noi that culb  ngay bên cạnh đó còn những dịch vụ tô điểm như noi that spa  noi that tham my vien

  12. Anonymous

  13. Anonymous

    mau buat website dengan hosting bagus dan murah, kunjungi http://pestahosting.com